未だ明らかになっていない部分があるが、すでに報道で指摘されているように、JAL機は進入許可は得ていたが着陸許可は得ていなかった場合が考えられる。管制塔は海保機が誤って滑走路に進入したのに気付き（管制塔が海保機へ滑走路への進入を許可していなかったとの報道あり）、JAL機に着陸許可を出さなかったのだったとしたら、管制塔がJAL機にGO AROUND（着陸復行）を指示するか、JAL機が滑走路上の海保機を目視し自らGO AROUNDするべきだった。これは海保機が指示を誤認したと仮定すればの話ですが。

（海保機が滑走路に進入する許可を得ていた場合）過密空港では日常茶飯事に起きる事象です。航空管制上短時間で多数機を処理するためには離陸する航空機と着陸する航空機の間隔をできるだけ短くする必要があります。そのとき、離陸する航空機が予想に反して滑走路上で離陸準備に多くの時間を要した場合、後が閊えてきます。そのとき着陸のために進入してきた航空機はGO AROUNDせざるを得なくなる場合があります。このような状況下でおきた事故とも考えられます。
いずれにしろ交信記録が明らかになれば事故原因が明確になります。事故原因探求の目的は犯人捜しではありません。
現段階では、海保機、JAL機、管制塔の3者ともに原因があるように思います。